Theo sự phân công, Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm có chức năng giúp UBND TP.HCM thực hiện một số nhiệm vụ quản lý đầu tư phát triển đô thị trong khu vực Thủ Thiêm.
Lãnh đạo TP.HCM quy định Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm hoạt động theo cơ chế tự chủ về tài chính, có chức năng giúp UBND TP.HCM thực hiện một số nhiệm vụ quản lý đầu tư phát triển đô thị trong khu vực Thủ Thiêm.