Dù đã góp phần hiệu quả vào phát triển HTX kiểu mới song Luật HTX 2012 vẫn còn không ít hạn chế. Nhiều HTX nông nghiệp ở TP.HCM đề nghị Luật HTX 2012 sớm sửa đổi để tháo gỡ vướng mắc cho mô hình kinh tế tập thể.
Quy định về tỷ lệ cung ứng, tiêu thụ sản phẩm, dịch vụ trong Luật HTX năm 2012 khiến HTX, liên hiệp HTX khó mở rộng sản xuất, kinh doanh. Liên hiệp HTX Saigon Co.op là một ví dụ khi chuyển đổi mô hình hoạt động cho phù hợp Luật HTX năm 2012.