Khác với nhiều món ăn có nguyên liệu từ bún, bún bò Nam Bộ không sử dụng nước dùng mà được rưới nước mắm tỏi ớt chua cay với topping bao gồm thịt bò xắt mỏng xào chín, ăn cùng một số loại rau thơm: giá đỗ, dưa chuột, hành khô, lạc rang...
Bún bò Nam Bộ từ lâu đã được ưa chuộng bởi nguyên liệu đơn giản, dễ làm, có thể thích hợp ăn bất cứ mùa nào trong năm.
Với tên gọi "Nam Bộ", xuất xứ của món bún này từng gây nhiều tranh cãi. Tuy nhiên, nhiều câu chuyện cho thấy bún bò Nam Bộ xuất phát hoàn toàn từ Hà Nội, không phải miền Nam như tên gọi. Món này được một người phụ nữ tên Can nghĩ ra. Bà là chủ quán bún chả trên vỉa hè khách sạn Đồng Lợi thuộc phố Nam Bộ (nay là đường Lê Duẩn).
Trong một lần bán hàng, bà được khách nhờ nướng thịt bò, thay vì ăn cùng chả băm và chả miếng. Các thành phần còn lại vẫn giống hệt bún chả. Từ lần chế biến vô tình đó, món ăn mới ra đời và được bà gọi là bún bò trộn.
Thời điểm bấy giờ, quán của bà Can rất đông khách, nhiều người đến ăn bún chả thường nhờ bà nướng thêm thịt bò để ăn kèm. Lâu dần, món bún bò trộn này đã có tên gọi là bún bò Nam Bộ và trở thành một món ăn riêng biệt. Nam Bộ trong tên gọi của món ăn được cho là chỉ tên phố chứ không phải nguồn gốc vùng miền.
Dù vậy, vẫn còn những thông tin cho rằng món ăn có thể xuất xứ từ miền Nam và đã được gia giảm theo cách ăn của người Bắc (hoặc do chủ quán học cách nấu ăn của người dân miền trong).
Bún bò Nam Bộ có nguyên liệu và hương vị gần giống bún thịt xào của người miền Tây. Thông thường, người ta sử dụng thịt lợn nhưng một số nơi cũng dùng thịt bò xào, giống với bún bò Nam Bộ. Nguyên liệu còn lại gồm bún tươi, đồ chua, cà rốt bào sợi, rau sống, lạc giã… Điểm khác biệt dễ nhận thấy là bún thịt xào miền Tây thường xào thịt bò với sả ớt và có thêm hành tây.
Nhìn chung, các nguyên liệu và cách làm món ăn này đều khá giống nhau. Vì vậy, bún bò Nam Bộ chỉ đơn giản là một tên gọi món ăn quen thuộc. Nguồn gốc thật sự thì vẫn là câu hỏi chưa có lời giải chính xác.
Cho dù nguồn gốc đến từ đâu, sử dụng nguyên liệu đặc biệt là gì, bún bò Nam Bộ vẫn là một trong những món ăn góp phần tạo nên văn hóa ẩm thực Việt Nam. Đặc biệt, món ăn này được du khách nước ngoài ưa chuộng.