Vướng mắc thứ nhất, theo giải thích của Tổng cục Thuế (Bộ Tài chính), về thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu giai đoạn trước khi công ty chuyển thành doanh nghiệp chế xuất, ngày 25/9, Bộ Tài chính đã có Công văn số 10225/BTC-TCT chỉ đạo Cục Thuế TP.HCM.

Nếu doanh nghiệp có nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ hoặc mua hàng hóa, dịch vụ từ các nhà cung cấp trong nước, doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua trong nước thì doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào theo quy định pháp luật về thuế GTGT.

Tổng cục Thuế cho biết đã chỉ đạo Cục Thuế TP.HCM căn cứ các quy định, hướng dẫn nêu trên và thẩm quyền quyết định hoàn thuế quy định tại Luật Quản lý thuế "để xử lý dứt điểm".

Thứ hai, về thuế GTGT của nguyên vật liệu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu thay đổi mục đích sử dụng, Tổng cục Thuế cho biết (theo báo Thanh Niên) Tổng cục đã báo cáo Bộ Tài chính và chuyển hồ sơ sang Tổng cục Hải quan thuộc Bộ Tài chính để hướng dẫn phối hợp triển khai công tác hoàn thuế theo chức năng, nhiệm vụ được giao.

Trước đó, tại Hội nghị đối thoại giữa lãnh đạo TP.HCM và các công ty Hàn Quốc ngày 16/8/2023, đại diện của Samsung HCMC CE Complex cho biết sau hơn 2 năm, tổng cộng số tiền thuế GTGT chờ hoàn của doanh nghiệp này là 44 triệu USD, gồm 24 triệu USD cho giai đoạn trước khi chuyển đổi sang doanh nghiệp chế xuất và 20 triệu USD trong vòng 18 tháng từ tháng 6/2021 đến 12/2022.

Năm 2020, công ty này xin phép chuyển đổi từ loại hình doanh nghiệp thông thường sang loại hình doanh nghiệp chế xuất. Ngày 1/5/2021, công ty chính thức trở thành doanh nghiệp chế xuất.

Tại buổi đối thoại trên, ông Youn Chel Woon, Giám đốc Samsung HCMC CE Complex, cho biết tháng 7/2022, Cục thuế TP.HCM đã kiểm tra trong 2 tháng để đánh giá tính phù hợp của việc hoàn thuế và 2 lần gửi công văn báo cáo lên Tổng cục Thuế.

Ngày 3/7, Tổng cục Thuế chủ trì cuộc họp với các bên để thảo luận vấn đề này nhưng không có quyết định nào được đưa ra.

Từ thời điểm phát sinh tiền thuế VAT chưa được hoàn đến nay hơn hai năm, hoàn toàn chưa có bất cứ giải quyết nào được thực hiện", ông Youn Chel Woon cho hay.

Về vấn đề hoàn thuế cho Samsung và thay đổi chính sách xuất nhập khẩu tại chỗ, Chủ tịch UBND TP.HCM Phan Văn Mãi khẳng định tại buổi đối thoại là thành phố ghi nhận vấn đề và phản ánh với các bộ ngành trung ương.