Đề án hướng đến mục tiêu hỗ trợ phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo của Thành phố Hồ Chí Minh ngang tầm khu vực, từng bước trở thành nển tảng vững chắc hỗ trợ hoạt động đổi mới sáng tạo, nâng cao năng suất chất lượng, năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp; phát triển sản phẩm chủ lực của thành phố, góp phần nâng cao tỉ trọng đóng góp của yếu tố năng suất tổng hợp (TFP) vào GRDP đến năm 2025 đạt từ 45 - 50%.
Đề án đặt ra một số chỉ tiêu cụ thể đến cuối năm 2025: hỗ trợ nâng cao năng lực đổi mới sáng tạo cho 3.000 doanh nghiệp; ươm tạo, phát triển 1.000 dự án khởi nghiệp đổi mới sáng tạo; phát triển 100 doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo tiếp cận nguồn vốn đầu tư mạo hiểm.
Để đạt mục tiêu trên, UBND Thành phố Hồ Chí Minh đề ra 7 nhóm nhiệm vụ chính gồm: phát triển hạ tầng, dịch vụ hỗ trợ hệ sinh thái khởi nghiệp đổi mới sáng tạo; nâng cao năng lực cho các thành phần hệ sinh thái; hình thành hệ sinh thái đổi mới sáng tạo của các lĩnh vực, sản phẩm trọng điểm; hỗ trợ doanh nghiệp đổi mới sáng tạo phát triển sản phẩm và thị trường; hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa nâng cao năng suất, chất lượng và đổi mới sáng tạo; thúc đẩy hoạt động đổi mới sáng tạo trong khu vực công; thúc đẩy hoạt động hợp tác quốc tế khởi nghiệp đổi mới sáng tạo; truyền thông khởi nghiệp đổi mới sáng tạo.
Giai đoạn 2016-2020, trung bình mỗi năm có khoảng 650-700 doanh nghiệp được hỗ trợ nâng cao năng lực. Hằng năm thành phố phối hợp với các cơ sở ươm tạo và trường đại học tổ chức gần 10 cuộc thi về khởi nghiệp đổi mới sáng tạo.